Die Verdauung von Milchzucker findet im Dünndarm statt. Hier wird das Enzym Laktase gebildet, welches den Milchzucker in seine beiden Bestandteile Glukose und Galaktose aufspaltet. Diese beiden Bestandteile gehen ins Blut über und werden dann im Körper verwertet. Fehlt jedoch das Enzym ganz oder teilweise, wird der Milchzucker weitgehend ungespalten in den Dickdarm befördert. Dort zersetzen ihn Dickdarm-Bakterien zu Milch- und Essigsäure, Kohlendioxid, Wasserstoff (H2) und Methan. Die letztgenannten Gase verursachen Blähungen und Krämpfe. Die erstgenannten Säuren ändern das Säuregleichgewicht im Darm. Dadurch wird Wasser in den Darm hineingesogen, anstatt dass es abgegeben wird. Dies alles führt zu einem wässerigen, schaumigen, sauer riechenden Durchfall. Diese Beschwerden treten schon nach 12 bis 30 Minuten auf.
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